Palivový systém novej KX250F s duálnim vstrekovaním paliva: jeden vstrekovač umiestený štandardne, pri škrtiacej klapke, a druhý vstrekovač umiestnený v blízkosti airboxu. Na rozdiel od duálneho vstrekovania, ktoré sa používa na superšportových motocykloch (kde druhý vstrekovač pracuje iba za určitých podmienok - poskytuje dodatočné množstvo paliva keď je to potrebné), dva vstrekovače na KX250F majú odlišnú funkciu. Jeden vstrekovač slúži na zabezpečenie hladkéj a okamžitej reakcie, zatiaľ čo druhý vstrekovač dodáva potrebnú silu.